In teoria se cambi solo le pastiglie il circuito idraulico non lo tocchi...
Si è accesa la spia sul cruscotto, ok...hai potuto constatare che in effetti le pastiglie erano a zero?
In questo caso nell'inserire quelle nuove, spingendo indietro i pistoni hai magari introdotto involontariamente aria nell'impianto.

Possibile ma poco probabile secondo me...

Se le pastiglie non erano così consumate allora è più probabile che la spia indichi un'anomalia nella pressione dell'impianto (dovuta a qualche perdita nel circuito) che ha indotto la valvola di distribuzione o parzializzatrice (dipende dalle annate) a segnalare la differenza di pressione tra anteriore e posteriore.

Se hai infatti una perdita nel circuito anteriore o posteriore il pedale va lungo per forza di cose e frena solo il circuito che non perde...